基礎控除、配偶者特別控除及び扶養控除の控除対象扶養親族などの適用要件である合計所得金額について、申告分離課税の所得は特別控除前の金額で判断する。
なお、総合譲渡所得は、総所得金額の一部となるため、特別控除前の額で判断する必要はない。
例えば、公共事業のために土地を譲渡（譲渡益3,000万円）したが、特別控除後の所得が「0円」であったので、基礎控除及び配偶者特別控除の適用を行っていると誤りとなる。
正しくは、合計所得金額が2,500（1,000）万円を超えているので、基礎控除及び配偶者特別控除の適用はできない（所法86、所法83の2②）。
年末調整済みの給与所得者が公共事業により土地の収用を受けた場合、給与所得に係る源泉徴収票の基礎控除及び配偶者控除又は配偶者特別控除の内容を確認し、特別控除前の所得金額であっても当該源泉徴収票の内容が正当かどうかを判断し、誤りがあれば、①源泉徴収義務者で是正をするか、②確定申告で是正を行うかのいずれかを選択する（なお、原則は①とするが、納税者の希望により②で是正を行っても差し支えない。）。
